邓兴旺实验室应用tiling-path芯片技术对水稻全基因组转录活性进行分析。该文章发表在2006年1月15日的《Nature Genetics》杂志上。

我所邓兴旺实验室在2006年1月15日的《Nature Genetics》杂志上发表论文“Genome-wide transcription analyses in rice using tiling microarrays”，报道应用覆瓦式(tiling-path)设计的芯片对水稻基因组的转录活性进行全面的分析。

     Tiling-path芯片的基因表达数据对水稻35,970（81.9%）个预测基因的表达活性提供了实验依据，并检测到5,646个基因间区域的信号簇，可能是目前算法和软件无法预测的新基因。通过与植物EST数据库比对发现其中近30%的序列与植物基因存在同源性的，并成功的克隆到了部分新基因的序列。Tiling-array在每条染色体上的信号映射图谱，揭示了染色体的基因转录活性的分布与染色质的细胞学结构有着密切的联系，并依据tiling-array的在1号和4号染色体上的信号分布，通过FISH实验准确地确定了这两条染色体的常染色质区与以染色质区的边界。最后作者比较了水稻indica基因组上18对片段复制（segmental duplication)区域的转录活性，发现部分复制区域的转录活性在整体上具有一定的相关性，尤其是11号和12号染色体上一对距离现代发生最近的（53 MYA）一次基因组片段复制区域，表达信号的相关性高达0.731，暗示着这两个复制区域中的基因的功能尚未完全分化，还存在相似的表达行为。

     该项工作为科技部资助的中国水稻功能基因组学研究重大专项的一部分，为我国开展水稻杂交优势的机理，水稻抗性基因的筛选等后续的功能方面的研究奠定了基础。

我所的博士研究生王向峰与来我所进行学术交流访问的耶鲁大学的博士后李磊为该文章的同等贡献第一作者。此外参与该工作的科研人员还包括中科院遗传所的研究生张冬芬，程祝宽研究员；北京基因组研究所的王俊博士，李松岗教授；以及耶鲁大学的苏宁博士，李学勇博士。邓兴旺教授为这篇文章的通讯作者。邓兴旺实验室为科技部863和北京市科委资助的实验室。

从左至右为：邓兴旺博士、王向峰博士