2010年11月12日，我所董梦秋实验室在《Journal of Proteome Research》杂志发表题为“Improved Peptide Identification for Proteomic Analysis Based on Comprehensive Characterization of Electron Transfer Dissociation Spectra”的论文。

2010年11月12日，我所董梦秋实验室在《Journal of Proteome Research》杂志发表题为“Improved Peptide Identification for Proteomic Analysis Based on Comprehensive Characterization of Electron Transfer Dissociation Spectra”的论文。

 近年来，电子转移裂解（Electron Transfer Dissociation, ETD ）作为一种新的肽段碎裂方式，在蛋白质组学领域中获得了广泛的应用。但是现有的分析软件不能充分解析ETD质谱数据，亟待完善。本文以四十多万张ETD谱图为基础，进行了大规模的统计分析，系统地总结了ETD的碎裂规律与特征，其中一些是首次发表。例如，ETD碎片离子的氢重排（即失去或捕获一个甚至多个氢原子）主要受三种因素的影响：碎片离子类型（c- 或 z- 离子）、碎片离子相对于母离子的大小、以及母离子电荷状态，这远比以前所认识到的复杂。本文将ETD谱图的特征应用到数据库搜索引擎pFind中，极大地提高了ETD谱图的鉴定率。在假阳性率为1%的情况下，pFind 从+2价母离子的ETD谱图中鉴定到的非冗余肽段数比Mascot 2.2多63-122%。对于更高价态的肽段和磷酸化肽段，pFind也有更好的鉴定结果。

此研究工作由我所董梦秋实验室与中科院计算所贺思敏教授的pFind课题组共同完成。pFind课题组副教授孙瑞祥博士是第一作者。董梦秋博士与孙瑞祥博士为共同通讯作者。本文其他作者还有我所宋春青、杨兵、陶莉、和景志毅，以及中科院计算所迟浩、秀丽蕴、刘超、王乐珩、付岩、和贺思敏。此项目由国家“973”（2010CB912701），“863”（2007AA02Z315, 2008AA02Z309, 和2007AA02Z1A7），国家自然科学基金（30900262），中科院知识创新计划（KGGX1-YW-13），和北京市政府共同资助完成。